|
|
Molecular mechanisms of Wip1 phosphatase function in DNA damage response
Štorchová, Radka ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Fajkus, Jiří (oponent) ; Líčeníková Hořejší, Zuzana (oponent)
Lidské buňky jsou neustále vystaveny různým faktorům, které způsobují poškození DNA a aktivují odpověď na poškození DNA (DDR). V závislosti na závažnosti poškození DNA může DDR napomáhat dočasnému zastavení cyklu buněk (kontrolní bod buněčného cyklu, "checkpoint"), trvalému zastavení růstu (senescence) nebo programované buněčné smrti (apoptóze). Signál DDR je regulován kaskádou post-translačních modifikací, kde klíčovými mediátory jsou fosfoproteinové kinázy ATM, ATR a DNA-PK. Fosfatáza Wip1 (kódovaná genem PPM1D) hraje důležitou roli v ukončení DDR fosforylací mnoha cílů těchto kináz. V této práci jsme zkoumali funkce PPM1D nezávislé na kontrolních bodech buněčného cyklu v buňkách a popsali jsme několik nových substrátů. Zjistili jsme, že PPM1D interaguje se shelterinovým komplexem a nachází se na telomerách. PPM1D desfosforyluje shelterinový protein TRF2 na S410. Fosforylace TRF2 na S410 zvyšovala jeho interakci s TIN2, což nepřímo zvyšovalo množství TPP1 na telomerách. Buňky s overexpresí PPM1D měly zvýšený počet telomerických fúzí. Tato zjištění mohou být velmi důležitá pro některé typy rakoviny, zvláště ty, které vykazují vysoké hladiny PPM1D nebo obsahují mutace v C-konci PPM1D. Pro ověření publikovaných, a detekci možných nových, substrátů PPM1D jsme vyvinuli novou metodu, využívající...
|
|
|
Telomeric DNA sequences in beetle taxa vary with species richness
PRUŠÁKOVÁ, Daniela
(TTAGG)n je běžnou telomerickou sekvencí u hmyzu, ale není univerzální, což platí zejména u brouků. Tato studie ukazuje, že tato sekvence byla opakovaně ztracena a nahrazena buďto dvěma známými alternativními telomerickými sekvencemi, (TCAGG)n a (TTAGGG)n, nebo zcela jinými neznámými alternativami. Sekvence (TTGGG)n nalezená v jednom taxonu brouků byla navržena jako nová kandidátní sekvence. Telomerické motivy u mnoha dalších druhů brouků však zůstávají neobjevené. Celkově naše rozsáhlé mapování telomerických motivů ukázalo, že diverzita pozitivně koreluje s druhovou bohatostí taxonů bez ohledu na stáří taxonů.
|
|
|
Spontánní regrese rakoviny
RADOVÁ, Lenka
Hlavním cílem této práce je najít a shromáždit zdokumentované případy spontánní regrese rakoviny bez cílené terapie. Na základě studií si tato práce klade za cíl kategorizovat jednotlivé případy a vysvětlit spontánní regresi na imunologické úrovni. Podle zjištění se pokusíme vyhodnotit, zda by pozorované případy regrese rakoviny nenašly experimentální nebo klinické využití.
|
|
|
Mapování telomerázové aktivity a telomerické sekvence u brouků
PRUŠÁKOVÁ, Daniela
(TTAGG)n sequence is an ancestral common telomere motif in insects, yet not ubiquitous, especially in beetle lineage, where the structure of telomeres varies even between representatives of the same clade. Telomerase activity related to the ancestral sequence was examined using TRAP assay, occurence of (TTAGG)n and (TCAGG)n repeats across beetles was determined using hybridization methods.
|
|
|
Evolution of karyotypes and sex determination in the turtle family Geoemydidae
Clemente, Lorenzo ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Montiel Jimenez, Eugenia Elisabet (oponent) ; Castiglia, Riccardo (oponent)
(ČESKY) Většina studovaných želv vykazuje teplotní určení pohlaví, genotypové určení pohlaví (tj. přítomnost pohlavních chromozomů) bylo zjištěno u této skupiny relativně vzácně. Cílem této práce bylo prozkoumat a rozšířit naše znalosti o evoluci karyotypu a determinaci pohlaví u želv, zejména se zaměřením na čeleď Geoemydidae, čeleď želv s dříve doloženou variabilitou systémů určení pohlaví. Přítomnost pohlavních chromozomů byla zkoumána kombinací konvenčních a molekulárně- cytogenetických technik. Vedle analýzy karyotypu byla zkoumána distribuce konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování) a repetitivních elementů, pohlůavní rozdíly pak pomocí komparativní genomové hybridizace (FISH, CGH). Celkem bylo cytogeneticky vyšetřeno 49 druhů želv z devíti čeledí. U čeledi Geoemydidae byla zjištěna pozoruhodná podobnost karyotypů, které se skládají z 2n=52 chromozomů (což je předpokládaný ancestrální diploidní počet chromozomů pro všechny želvy) a podobné topologie lokusů rDNA a telomerních repetic. Sharma et al. (1975) popsali ZZ/ZW pohlavní chromozomy u druhu Pangshura smithii. V analýze předložené v této práci dokládáme potenciálně chybnou identifikaci těchto pohlavních chromozomů v důsledku chybného párování chromozomů při rekonstrukci karyotypu. Navíc heteromorfní pohlavní chromozomy nebyly...
|
|
|
Studium struktury guaninových kvadruplexů pomocí neresonanční Ramanovy spektroskopie
Golan, Martin ; Mojzeš, Peter (vedoucí práce) ; Mašek, Vlastimil (oponent)
Úseky lidských telomerových sekvencí obsahující alespoň 4 guaninové subsekvence jsou schopny formovat konformačně variabilní intrastrandové kvadruplexy. Dřívější studie využívající konvenční Ramanovu spektroskopii uvádí, že sekvence G3(TTAG3)3 o milimolárních koncentracích ve fosfátovém pufru s přidanými ionty Na+ o iontové síle 150 mM zaujme antiparalelní konformaci bez ohledu na délku stání vzorku či jeho annealing, kdežto ionty K+ vedou k postupnému přechodu do "3+1", případně paralelní konformace. Výsledky měření sekvence AG3(TTAG3)3 taktéž o milimolárních koncentracích pomocí tzv. Photonic Crystal Fibre-enhanced Raman Spectroscopy (PCFRS) naopak udávají, že v přítomnosti sodíku i v přítomnosti draslíku (iontová síla roztoků 100 mM) se po dvoudenním stání vytvoří struktura paralelní. Tato práce zkoumá sekvenci AG3(TTAG3)3 metodami konvenční Ramanovy spektroskopie a Ramanovy spektroskopie kapkově nanášených povlaků v rozsahu koncentrací od jednotek do stovek milimolů v oligodeoxyribonukleotidech. Dochází k závěru, že struktura ve fosfátovém pufru s ionty Na+ je antiparalelní i navzdory dlouhému stání a annealingu, kdežto v přítomnosti draselných iontů je a zůstane v konformaci "3+1". Byly navrženy dvě hypotézy o příčině rozdílů mezi výsledky získanými pomocí PCFRS a konvenční Ramanovy spektroskopie:...
|
|
|
Funkce telomer a volné DNA u zdravých jedinců a u vybraných patologických stavů
Zinková, Alžběta ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent) ; Drábek, Jiří (oponent)
Od objevu volné DNA (cfDNA) uplynulo více než 70 let, ale k největšímu zájmu o toto téma a k poznání dochází bezesporu v posledních třiceti letech. Využití nachází především v onkologii a prenatální diagnostice. Zatímco v těchto oborech je rutinně diagnosticky využívána, jen málo se ví o jejích fyziologických funkcích v organismu. Náš výzkum se proto zaměřuje na pochopení této úlohy a v experimentech pracuje zejména se vzorky získanými od zdravých jedinců. První studie byla zaměřena na rozdíly mezi plazmou a sérem zdravých jedinců. Položili jsme si otázku, zda se u nich liší koncentrace cfDNA a zastoupení telomerických sekvencí a zjistili jsme, že sérum obsahuje signifikantně více cfDNA než plazma, na druhou stranu je plazma relativně bohatší na telomerické sekvence. Při stimulačních experimentech s THP1 buňkami vykazovaly vzorky kultivované se sérem ošetřeným DNázou (bez přítomnosti cfDNA) vyšší expresi mRNA TNF-α (Tumor necrosis factor α), než vzorky kultivované s neošetřeným sérem a stejný trend byl pozorován i při stimulaci se vzorky plazmy. Studie zahrnující vzorky plazmy od deseti pacientů s celiakií a deseti zdravých kontrol ukázala při stimulaci THP1 buněk signifikantní rozdíly exprese mRNA TNF-α u DNázou ošetřených vs. neošetřených vzorků, kdy u ošetřených vzorků plazmy byla jejich...
|
|
|
Evolution of sex chromosomes and karyotypes in boas and pythons
Charvát, Tomáš ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
- ABSTRAKT - Hadi (Serpentes) jsou skupinou šupinatých plazů (Squamata), která představuje více než třetinu druhové diverzity plazů. Karyotyp hadů je poměrně konzervativní a nejčastěji má v diploidním stavu 36 chromozomů (16 makro- a 20 mikrochromozomů). Předpokládá se, že toto uspořádání bylo přítomno už u společného předka všech hadů. Majoritní většina hadích druhů patří do skupiny Caenophidia a sdílí homologní ZW pohlavní chromozomy. Hadi ze skupin "Scolecophidia" a "Henophidia" mají převážně nerozlišené, homomorfní pohlavní chromozomy, což v minulosti znemožnilo jejich podrobnější studium. Přítomnost ZW pohlavních chromozomů byla u těchto hadů po desetiletí tedy pouze předpokládána. Nové studie doložily existenci nejen ZW, ale i dvou nehomologních systémů s XY pohlavními chromozomy mimo skupinu Caenophidia. Dokázaly, že systémy určení pohlaví jsou u hadů variabilnější, než se dříve předpokládalo. V této práci bylo studováno osm druhů hadů ze skupiny "Henophidia" (zástupci rodů Eryx, Cylidrophis, Python a Tropidophis) a jeden druh ze skupiny Caenophidia (Ophiophagus hannah) a to za použití konvenčních i molekulárních cytogenetických metod. Pohlavní chromozomy však nebyly nalezeny u žádného ze studovaných druhů skupiny "Henophidia", nýbrž pouze u Ophiophagus hannah ze skupiny Caenophidia. Tento druh má...
|
|
|
Evolution of sex chromosomes in reptiles
Mazzoleni, Sofia ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent) ; Liehr, Thomas (oponent)
- ABSTRAKT - Mezi obratlovci představují plazi ideální skupinu pro studium determinace pohlaví. Zahrnují totiž linie s pohlavím určeným prostředím (ESD), jak můžeme vidět u krokodýlů a tuatary, linie s genotypovým určením pohlaví (GSD), např. leguány, chameleony, skinky, ještěrky a ptáky, a pár skupin, které mají variabilitu v mechanismech určování pohlaví jako jsou gekoni, agamy a želvy. Tato práce je zaměřena na evoluci pohlavních chromozomů a determinace pohlaví u želv. Většina druhů želv vykazuje ESD, jež je považováno za ancestrální systém určování pohlaví této skupiny, zatímco GSD v podobě samčí či samičí heterogamie se vyvinula nezávisle nejméně pětkrát. Pomocí cytogenetických analýz jsme zkoumali přítomnost pohlavních chromozomů u vybraných zástupců želv. Analýzy zahrnovaly rekonstrukci karyotypů, distribuci konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování, analýza akumulace metylovaných skupin) a repetic (pomocí fluorescenční in situ hybridizace) a srovnávací genomovou hybridizaci (CGH), které často odhalí degenerovaný Y nebo W chromozom a mohou být užitečné při identifikace "kryptických" pohlavních chromozomů. Popsali jsme XX / XY chromozomy u sedmi dříve nestudovaných australských zástupců čeledi Chelidae (Pleurodira) z rodů Chelodina, Elseya a Emydura. Navzdory rozdílu v morfologii chromozomů by...
|
|
|
Senescence buněk se zaměřením na telomerázovou teorii
Laštůvková, Viktorie ; Tlapáková, Tereza (vedoucí práce) ; Hanus, Robert (oponent)
Buněčná senescence je ireversibilní stav, při kterém dochází k ukončení buněčného cyklu. Buňka zůstává metabolicky aktivní, ale její fyziologické funkce jsou omezeny. Zastavení buněčného cyklu je odpovědí na činnost řady faktorů, z nichž většina různým způsobem zasahuje sekundární strukturu DNA a způsobuje její poškození. Dalšími iniciátory vstupu buňky do senescentního stavu bývají onkogeny a chemoterapeutika. Jedním z nejlépe prostudovaných faktorů, který je zároveň svým způsobem "nejspravedlivější", je zkracování telomer. Telomery jsou nekódující oblasti DNA na chromozomových koncích, které se s každým dělením buňky o kousek zkrátí. Pokud buňka nemá mechanismy vyrovnávající tuto ztrátu, dojde po určité době k dosažení Hayflickova limitu. Obecně se dá senescence považovat za ochranný mechanismus zabraňující vzniku patologií na základě poškození DNA Přítomnost senescentních buněk v tkáních je však často ambivalentní, s věkem se hromadí a mohou být příčinou mnoha degenerativních onemocnění. Senescentní fenotyp zahrnuje široké spektrum projevů jako například změny velikosti a tvaru buňky, zvýšenou granularitu či pozměněnou škálu exprimovaných genů. Výrazným jevem senescentních buněk je sekrece biologicky aktivních faktorů přispívajících k fyziologickým či patologickým změnám v organismu. Klíčová...
|
host ::
RSS.